Activities in Family | Modules of approx. 150 residues which always appear as a threefold internal repeat. The only apparent exception to this, xylanase II of Actinomadura sp. FC7 (GenBank U08894), is in fact not completely sequenced. These modules were first identified in several plant lectins such as ricin or agglutinin of Ricinus communis which bind galactose residues. The three-dimensional structure of a plant lectin has been determined and displays a pseudo-threefold symmetry in accord with the observed sequence threefold repeat. These modules have since been found in a number of other proteins of various functions including glycoside hydrolases and glycosyltransferases. While in the plant lectins this module binds mannose, binding to xylan has been demonstrated in the Streptomyces lividans xylanase A and arabinofuranosidase B. Binding to GalNAc has been shown for the corresponding module of GalNAc transferase 4. For the other proteins, the binding specificity of these modules has not been established. The pseudo three-fold symmetry of the CBM13 module has now been confirmed in the 3-D structure of the intact, two-domain, xylanase of Streptomyces olivaceoviridis. |
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3D Structure Status | β-trefoil |
Note | Previously known as cellulose-binding domain family XIII (CBD XIII). |
External resources | HOMSTRAD; |
Statistics | GenBank accession (18099); Uniprot accession (139); PDB accession (165); 3D entries (60); cryst (1) |
Bacteria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | EC# | Organism | GenBank | Uniprot |
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[arabinogalactan] exo-β-1,3-galactanase (Ct1,3Gal43A; CtGH43; Cthe_0661) (1,3Gal43A) | Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 | ABN51896.1 | A3DD67 |
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xylanase (M6;CtM6;CtXyl5A;Cthe_2193) (arabinoxylan-specific) (Xyl5A) | Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 | ABN53395.1 | A3DHG6 |
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actinohivin (Ath) | actinomycete K97-0003 | BAA97578.1 AAN99135.1 |
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ORF | Bacillus thuringiensis S3580-1 | QCT24227.1 |
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Ha33 (HA-33;Ha34) | Clostridium botulinum 62A | AAM75951.1 AAM75958.1 AAQ06328.1 ABD65469.1 ABE20280.1 ACQ22029.1 ACS02888.1 |
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Ha33 (HA-33;Ha34) | Clostridium botulinum 62A | AAM75951.1 AAM75958.1 AAQ06328.1 ABD65469.1 ABE20280.1 ACQ22029.1 ACS02888.1 |
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CLC_0859 (HA33) | Clostridium botulinum A str. Hall | ABS38942.1 |
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CLC_0859 (HA33) | Clostridium botulinum A str. Hall | ABS38942.1 |
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neurotoxin type B progenitor toxin complex subunit (Ha1;Ha33;CLD_A0071) | Clostridium botulinum B1 str. Okra | ACA46991.1 BAE48261.1 |
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neurotoxin type B progenitor toxin complex subunit (Ha1;Ha33;CLD_A0071) | Clostridium botulinum B1 str. Okra | ACA46991.1 BAE48261.1 |
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HA-33 | Clostridium botulinum C-YOICHI | BAB71747.1 |
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HA-33 | Clostridium botulinum C-YOICHI | BAB71747.1 |
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toxin (Ha1;Hα-33) | Clostridium botulinum D str. 1873 | CAA44261.1 BAA75082.1 |
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toxin (Ha1;Hα-33) | Clostridium botulinum D str. 1873 | CAA44261.1 BAA75082.1 |
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neurotoxin (Hα-33;Ha1;BoNT) | Clostridium botulinum D-4947 | BAA90659.1 |
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neurotoxin (Hα-33;Ha1;BoNT) | Clostridium botulinum D-4947 | BAA90659.1 |
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mosquitocidal toxin (Mtx1) | Lysinibacillus sphaericus LP1-G | AAN04906.1 AAA22601.1 CAA02791.1 |
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mosquitocidal toxin (Mtx1) | Lysinibacillus sphaericus LP1-G | AAN04906.1 AAA22601.1 CAA02791.1 |
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mosquitocidal toxin (Mtx1) | Lysinibacillus sphaericus LP1-G | AAN04906.1 AAA22601.1 CAA02791.1 |
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mosquitocidal toxin (Mtx1) | Lysinibacillus sphaericus LP1-G | AAN04906.1 AAA22601.1 CAA02791.1 |
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lectin (Rv1419) | Mycobacterium tuberculosis H37Rv | CAB02167.1 AFN49328.1 CCP44178.1 NP_215935.1 |
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β-L-arabinopyranosidase (AgaA2;SaArap27A;SAV_2186) (Arap27A) | Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 | BAC69897.1 NP_823362.1 |
Q82L26 |
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xylanase A (XlnA) (Xyn10A) | Streptomyces lividans 1326 / IAF18 | AAC26525.1 AAO97633.1 |
P26514 |
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β-1,4-xylanase (XynA; FXYN; SoXyn10A) (partial) (Xyn10A) | Streptomyces olivaceoviridis E-86 | Q7SI98 |
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hemolysin/cytolysin β-trefoil lectin (VV20404) | Vibrio vulnificus CMCP6 | AAO07360.2 AAO07360.1 NP_762370.1 |
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Eukaryota | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | EC# | Organism | GenBank | Uniprot |
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agglutinin (AAG) | Abrus precatorius | AAF28309.1 |
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agglutinin (AAG) | Abrus precatorius | AAF28309.1 |
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hemolytic lectin (Cel3;CEL-III) | Cucumaria echinata | BAC75827.1 BAK19472.1 BAK19473.1 BAK19476.1 |
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hemolytic lectin (Cel3;CEL-III) | Cucumaria echinata | BAC75827.1 BAK19472.1 BAK19473.1 BAK19476.1 |
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Agglutinin | Cucumis melo | XP_016903609.1 |
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UDP-GalNAc: polypeptide α-N-acetylgalactosaminyltransferase (PGANT9A; PGANT9B; CG30463) | Drosophila melanogaster | AAF57964.2 AAF57964.3 AAF57966.2 AAM51988.1 ABL75647.1 ABL75689.1 ABV53822.1 ABV53823.1 ABV53824.1 NP_725602.1 NP_725603.1 |
Q8MRC9 |
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β-trefoil lectin | Entamoeba histolytica HM-1:IMSS | XP_653902.1 |
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UDP-GalNAc:polypeptide α-N-acetylgalactosaminyltransferase T4 (GalNAc-T4;ppGalNAcT4;GALNT4) | Homo sapiens | AAN94203.1 AAH36390.1 AAN94205.1 BAG35722.1 BAG60038.1 CAA69875.1 NP_003765.1 |
Q8N4A0 Q8N4A0 |
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UDP-GalNAc:polypeptide α-N-acetylgalactosaminyltransferase T2 (GalNAc-T2;ppGalNAcT2;GalNT2; pp-GalNAc-T2) | Homo sapiens | AAH41120.1 ACC22257.1 ACS13744.1 BAF82737.1 BAH12448.1 BAH13288.1 BAW34839.1 BAW34840.1 CAA59381.1 CAC00585.2 CAI22902.1 CAI23447.1 NP_004472.1 |
A0A1L7NY41 A0A1L7NY50 B7Z6K2 Q10471 |
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UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7 (GALNT7;GALNAC-T7;GalNAcT7) | Homo sapiens | CAB60270.1 AAH35303.1 AAH46129.1 AAH47468.1 BAG52155.1 CAC39783.1 CAD44538.1 CAI72154.1 NP_059119.1 NP_059119.2 |
B3KQU3 Q86SF2 Q86SF2 |
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UDP-GalNAc: polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10 (GalNT10;ppGalNAcT10;pp-GalNAc-T10) | Homo sapiens | CAD44532.1 AAH07224.2 AAH72450.1 AAH98444.1 AAP65372.1 AAP65373.1 AAP65378.1 AAP65379.1 ABA33148.1 ABA33149.1 ABA33154.1 ABA33155.1 BAB14676.1 BAC56890.1 BAG54441.1 CAB46378.1 CAE91109.1 NP_060010.2 NP_938080.1 |
Q86SR1 Q86SR1 |
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UDP-GalNAc: polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 12 (ppGalNAcT12; Galnt12) | Homo sapiens | BAC07181.1 AAH13945.1 ABA38425.1 BAB15027.1 BAD93346.1 CAC80100.2 CAD44541.1 CAG32962.1 CAI17042.1 NP_078918.3 |
Q58A70 Q8IXK2 Q8IXK2 |
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29-kDa galactose-binding lectin (R-type) (EW29) | Lumbricus terrestris | BAA36393.1 |
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lectin (MPL) | Macrolepiota procera | AEE98238.1 |
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agglutinin (MOA) | Marasmius oreades | AAL47680.1 ABC05318.1 ABC05319.1 ABC05320.1 ABC05337.1 ABC05339.1 |
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galactose-binding type-2 ribosome-inactivating protein / bitter gourd seed lectin (Mcl1;BGSL) | Momordica charantia | BAH05018.1 |
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galactose-binding type-2 ribosome-inactivating protein / bitter gourd seed lectin (Mcl1;BGSL) | Momordica charantia | BAH05018.1 |
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UDP-GalNAc: polypeptide α-N-acetylgalactosaminyltransferase T1 (GalNAc-T1;ppGalNAcTase-1;Galnt1) | Mus musculus | AAB58477.1 AAH56215.1 AAH90962.1 BAE28617.1 NP_038842.2 |
O08912 O08912 |
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lectin (Psl1a) | Polyporus squamosus | BAC87875.1 |
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agglutinin (RSA) (partial) | Rhizoctonia solani 207.84 (AG-1C) |
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ricin B-chain (RTB) | Ricinus communis | AAY06525.1 AAB22582.1 ABC05333.1 ACY38598.1 ADG29030.1 ADG29032.1 ADG29033.1 ADG29035.1 ADG29036.1 ADG29037.1 ADG29038.1 ADG29039.1 ADG29040.1 ADG29043.1 ADG29044.1 ADG29046.1 ADG29047.1 ADG29048.1 ADG29049.1 ADG29050.1 ADG29051.1 ADG29056.1 ADG29058.1 ADG29060.1 ADG29061.1 ADG29062.1 ADG29066.1 ADG29068.1 ADG29069.1 ADG29071.1 ADG29073.1 ADG29074.1 ADG29075.1 ADG29077.1 ADG29078.1 ADG29079.1 ADG29080.1 ADG29081.1 ADG29082.1 ADG29083.1 ADG29084.1 ADG29086.1 ADG29088.1 ADG29089.1 ADG29090.1 ADG29091.1 ADG29092.1 ADG29093.1 ADG29097.1 ADG29099.1 ADG29100.1 ADG29102.1 ADG29106.1 ADG29108.1 ADG29109.1 ADG29111.1 ADG29112.1 ADG29113.1 ADG29114.1 ADG29115.1 ADG29116.1 ADG29117.1 AFH96941.1 CAA01058.1 CAA26230.1 CAA26939.1 CAA37095.1 |
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ricin B-chain (RTB) | Ricinus communis | AAY06525.1 AAB22582.1 ABC05334.1 ACY38598.1 ADG29030.1 ADG29032.1 ADG29033.1 ADG29035.1 ADG29036.1 ADG29037.1 ADG29038.1 ADG29039.1 ADG29040.1 ADG29043.1 ADG29044.1 ADG29046.1 ADG29047.1 ADG29048.1 ADG29049.1 ADG29050.1 ADG29051.1 ADG29056.1 ADG29058.1 ADG29060.1 ADG29061.1 ADG29062.1 ADG29066.1 ADG29068.1 ADG29069.1 ADG29071.1 ADG29073.1 ADG29074.1 ADG29075.1 ADG29077.1 ADG29078.1 ADG29079.1 ADG29080.1 ADG29081.1 ADG29082.1 ADG29083.1 ADG29084.1 ADG29086.1 ADG29088.1 ADG29089.1 ADG29090.1 ADG29091.1 ADG29092.1 ADG29093.1 ADG29097.1 ADG29099.1 ADG29100.1 ADG29102.1 ADG29106.1 ADG29108.1 ADG29109.1 ADG29111.1 ADG29112.1 ADG29113.1 ADG29114.1 ADG29115.1 ADG29116.1 ADG29117.1 AFH96941.1 CAA01058.1 CAA26230.1 CAA26939.1 CAA37095.1 |
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agglutinin (RCA) | Ricinus communis | AAA33869.1 AAB22584.1 |
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agglutinin (RCA) | Ricinus communis | AAA33869.1 AAB22584.1 |
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ribosome-inactivating protein (AVl) | Sambucus nigra | AAL04123.1 AAN86130.1 |
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ribosome-inactivating protein (AVl) | Sambucus nigra | AAL04123.1 AAN86130.1 |
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UDP-GalNAc:polypeptide α-N-acetylgalactosaminyltransferase T3 (Galnt3; TgGalNAc-T3) | Taeniopygia guttata | XP_030134275.3 XP_002197786.1 |
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lectin (SGSL) | Trichosanthes anguina |
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lectin (SGSL) | Trichosanthes anguina |
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ribosome-inactivating protein | Viscum album | AAT37532.1 |
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ribosome-inactivating protein | Viscum album | AAT37532.1 |
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lectin I (ML-I) | Viscum album | AAR25545.1 AAL87006.1 AAR25546.1 ABA32657.1 ABA32659.1 ABA32660.1 ABA32661.1 ABA32662.1 ABA32663.1 ABA32664.1 |
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lectin I (ML-I) | Viscum album | AAR25545.1 AAL87006.1 AAR25546.1 ABA32657.1 ABA32659.1 ABA32660.1 ABA32661.1 ABA32662.1 ABA32663.1 ABA32664.1 |
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Viruses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | EC# | Organism | GenBank | Uniprot |
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toxin (Ha1) | Clostridium botulinum D phage CB16 | BAA75077.1 |
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toxin (Ha1) | Clostridium botulinum D phage CB16 | BAA75077.1 |
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